好动活泼的女孩祝英台，对外面的世界充满了好奇，女扮男装到学校去上课。在前往学校的途中，英台遇到了新同学梁山伯，英台对清秀斯文又富正义感的梁山伯一见钟情，两人结伴同行。
　　英台与山伯在学校认真辛勤的读书，下课后，也经常一起出游。每日的相处，让两人的感情越来越好。对英台而言，这是段最甜蜜的时光，而她对山伯的心意也越来越坚定。
　　三年后，英台家里不断催促她返家，挂念家里的英台在临行前晚，对山伯表白了自己的身份与情感，两人私下互许终身。但这一切，都被躲在一旁的纨绔子弟马文才偷看到了。
　　回到家中的英台却发现自己将被许配给马文才，英台不从，却是无法抵抗强势的马太守，为了父亲与母亲，英台只能在内心默默祈祷山伯快快来访。
　　憨直的山伯原意要修习完课程再到英台家中拜访，在师母点醒之下，他决定提早结束学业，先行前往英台家中拜访。一到英台家，山伯才知道英台已经许配马文才，黯然憔悴离开祝家，虚弱的山伯终因不堪悲伤而死去。
　　山伯的死讯传来，英台内心哀痛不已，她穿戴成美丽的新嫁娘，偷偷离家来到了山伯的墓前。就在此时，墓碑崩裂，山伯温柔微笑牵引着她，缓缓走入墓中，两人化成翩翩彩蝶，双双飞向天际……

整部动画片的重点在于表现梁山伯与祝英台之间深刻细腻的爱情故事上。由萧亚轩反串代言梁山伯，由刘若英出演祝英台，动画片中梁祝的形象更是参考了萧亚轩与刘若英的原型。萧亚轩笑说自己本来的声音就很低，刚睡醒的时候声音就很像男声。不仅配音献形象，刘若英和萧亚轩还分别为《梁祝》演唱主题曲《蝴蝶》与《你是我心中的惊叹》。